电影《无瑕修女》结局是：娇弱的瑟希莉亚并没有太大的能力能反击神父，她只能设法逃脱，只是被逼到绝境的她，最后杀红了眼。瑟希莉亚先是讽刺的以十字架钉死了神父，之后逃出修道院，她痛苦生下了孩子，咬断自己的脐带，但似乎看到婴儿的模样而感到惊恐，于是抓了一块石头，将婴儿砸下。

这个举动作为结尾，也成了全片最高潮。瑟希莉亚为何如此选择？婴儿或许是撒旦样（哭声暗示是怪物？），但对于完美无瑕的定义，瑟希莉亚才有主导权。

这个完美的受孕，在病态神父的思维是完美的，但对于瑟希莉亚的想法并非如此，她被控制在这邪恶的计划中，她必须为自己真正的信仰做些什么，消灭黑暗的力量。此外，这个举动也意味着女性的生育自主权，并非由父权想要如何安排来做决定。

《无瑕修女》的故事有批判父权思维、宗教本质思考及女性自主等议题。从少女瑟希莉亚的童年经历，进而来到修道院成了修女，结果遇到神迹无性受孕，一旁众人皆认为这是完美的受孕，如圣母生育耶稣的重现。但终究是一场恐怖的阴谋算计。

原来病态的神父是一位生殖科学家，他想透过耶稣受难时的十字架钉子提取DNA，借由修女做为容器（有点像代理孕母），生育繁衍耶稣二世，成了人类新的救世主。这样疯狂的计划，牺牲了不少修女做为实验，而瑟希莉亚是最接近成功的实验品。当瑟希莉亚知道真相，她将如何反击？