本剧改编自作者横山光辉同名漫画，故事讲述当织田信长的天下统一大业近在眼前时，琵琶湖畔以南蔓延着一个名为《金目教》的诡异宗教。据说不信此教者会遭受可怕的诅咒——。
为暗中调查《金目教》的真相，信长决定委托《假面忍者》出马……一名以忍者身份隐于暗处的青年（佐藤大树），最终化身为“假面忍者·赤影”。
《假面忍者赤影》第1集剧情
第1集
织田信长即将统一天下之时，琵琶湖南有一种叫“金目教”的奇怪宗教盛行。不相信它的人会遭到可怕的报应——。信长的家臣泷川一益（忍成修吾饰）向信长进言，派忍者秘密打探“金目教”的实际情况。讨厌忍的信长命令羽柴秀吉（柄本时生）派遣松永久秀（出合正幸），但“金目教”的目贺法师（本山力）、傀儡甚内（细田龙之介）等人的魔爪已经逼近……。
另一方面，飞騨忍者赤影（佐藤大树饰）遇到了被山贼追捕的青影（木村慧人饰），但不久两人陷入一触即发的事态。被赤影的实力吓了一跳的青影，一瞬间就消失了……
之后，一益指示赤影参加织田家忍者选拔考试。赤影与信长初次见面，但信长拔出刀──！?
《假面忍者赤影》第2集剧情
第2集
赤影（佐藤大树）击退了为了阻止织田信长（EXILE TAKAHIRO）统一天下而暗中活动的“金目教”的目贺法师（本山力）所操纵的怪兽·千年目贺。信长认可了他的实力赤影也接触到了信长不为人知的一面。
此时，织田家忍者选拔考试开始，以赤影为首的众多年轻人集结一堂。其中也有过去因偷窃而被山贼追捕的青影（木村慧人饰）的身影。在残酷的考试中不断有人掉队，赤影和青影顺利地通过了考验。认可彼此的实力，加深关系。
但是在考试终盘时，赤影、青影等应试者们被设置了某个陷阱……?对被捕的他们，一益说出了意想不到的一句话！
《假面忍者赤影》第3集剧情
第3集
在决定侍奉织田信长（EXILE TAKAHIRO）的忍者考试中，赤影（佐藤大树）自报姓名说自己是不检点的人。本打算包庇真正的坏蛋青影（木村慧人饰），但他察觉到参加考试的佐治新太郎（大八木凯斗饰）就是偷脸的“金目教”傀儡甚内（细田龙之介饰）。
对峙的赤影与傀儡甚内。就在这时，青影和泷川一益（忍成修吾）身上缠绕着长长的黑发……。众人被暗姬（山本千寻）的忍法逼入绝境，但赤影与之势均力敌。但是却无法将刀挥向暗姬──！?就在赤影陷入困境的时候，骑着大风筝的白影（加藤谅饰）前来助阵。
在白影的帮助下脱离危机的赤影和青影，配合默契地斩断黑发，向暗姬发起挑战——！
《假面忍者赤影》第4集剧情
第4集
在织田信长（TAKAHIRO）的命令之下，三人开始以“赤影”（佐藤大樹）、“青影”（木村慧人）、“白影”（加藤谅）为代号，前往幻妖斋统领的金目教总部霞谷，计划潜入其内部。就在此时，石田三成（中尾畅树）、福岛正则（水石亚飞梦）、加藤清正（志波景介）捉住了声称愿投靠织田家的“暗姬”（山本千寻）。白影对白发暗姬心存疑虑，将监视任务交给了赤影。
赤影试图与这位暗姬建立某种心意相通的联系，却没想到——!?
另一方面，由蟇法师（本山力）操控的“千年蛤蟆”再次巨大化，袭来！青影与白影迎击，却在面对变得更加凶暴的千年蛤蟆时陷入了危急……
