故事发生在一个被致命病毒肆虐的世界中，玩家扮演的角色乔尔和艾莉是一对幸存者。他们在逃亡的过程中逐渐建立了深厚的感情，共同面对种种困难和挑战。游戏的最终目标是寻找一个可能治愈病毒的实验室，并在这个过程中揭示了病毒的起源和背后的阴谋。

在游戏的最后关头，玩家需要面临一个重要的选择：是否将艾莉交给实验室的研究人员，以便研究治愈病毒的方法。这个选择导致了游戏的双结局。

选择将艾莉交给实验室，玩家将进入游戏的“善良结局”。在这个结局中，艾莉被研究人员成功治愈，病毒得到了控制，世界开始逐渐恢复正常。乔尔和艾莉在短暂的相聚后，为了艾莉的安全和未来，乔尔选择了离开。这个结局充满了希望和牺牲，让玩家对乔尔的无私和善良感到敬佩。

选择不将艾莉交给实验室，玩家将进入游戏的“自私结局”。在这个结局中，乔尔为了保护艾莉而拒绝了研究人员的请求。他认为实验室无法保证艾莉的安全，而且病毒的研究可能会导致更多的灾难。乔尔带着艾莉逃离了实验室，开始了新的逃亡生涯。这个结局充满了对未知的恐惧和对自由的渴望，让玩家对乔尔的坚定和勇敢感到钦佩。

双结局的设计为《最后生还者》增添了更多的深度和复杂性。它让玩家在游戏中不仅要面对生存的挑战，还要面对道德的抉择。这种设计使得每个玩家都能在游戏中找到自己的立场和信仰，从而增强了游戏的可玩性和吸引力。