距离2021年播出的《鹿角男孩》第一季有近两年的时间，在第二季的剧情第1集，大概用了近半集的时长，主要讲述了混种人孩子们为何会置身牢笼，他们之前经历了什么，是什么力量把他们囚禁，以此唤起观众对于第一季剧集内容的记忆，并慢慢进入接下来的故事发展。

而第二季的剧情主线并不复杂，主要是被囚禁的孩子们想尽一切办法想要重获自由，而他们在牢笼之外的家人、伙伴、朋友们，则试图闯进牢笼解救他们，而剧中的反面角色继续试图利用孩子们研制疫病解药，并防止他们出逃。在主线故事讲述中，剧集铺设了关于混种人孩子更多的身世秘密和特殊之处，为第三季的故事推进设置伏笔。

囚禁

随着新一轮致命的疾疫逼近，盖斯（和混种人同伴们被艾伯特将军和最后的男人囚禁。

米勒博士在被冰封的英国皇家海军的西普森号船隻上发现了詹姆斯泰克医生的笔记，与此同时，格斯与动物园的半人们被关在了水磊房。辛格医生用「秘製酱料」製作了暂时的解药，并帮妻子打了一针，阿波特将军要求辛格不眠不休地找出真正的解药，而在他不在的期间，由他的弟弟强尼暂时担任领袖。

温蒂与格斯偷偷跑了出去并透过对讲机告诉妈妈他们被关的所在位置以及罗伊被抓的事情，紧接着就被强尼给发现抓回了牢房。格斯再一次被辛格医生叫了过去，辛格想透过与格斯交谈了解关于病毒的更多情报，于是与格斯达成协议，只要格斯全力配合，他会尽他所能的保证不伤害其他半人小孩。

贝琪终于与小鸟，也就是米勒博士联系上，米勒告诉贝琪她留了一段话在「绿荫森林」的录音带裡，并警告他要赶紧离去，果不其然，在贝琪好不容易找到录音带后，「最后人类」们已经来到面前，朱蒂决定牺牲自己让贝琪有时间逃跑。在格斯一行半人当晚的饲料餐点中，出现了之前的狗娃娃，温蒂还在上面闻到妈妈的味道，半人小孩们雀跃不已，因为这让他们知道两人目前在一起，更準备要拯救他们。

踏进森林深处

杰普在昏迷中梦到了当初加入最后人类组织的原因，原来他是在找他的半人孩子与妻子，醒来后的杰普知道自己被艾米所救，艾米希望他能帮助自己拯救被抓住的半人小孩，然而杰普却认为直接进去保护区太危险，他要用自己的方式来救格斯。

就在此时两人听到了温蒂与格斯透过对讲机传来的声音，得知罗伊被抓的艾米顿时着急了起来，顾不得原本午夜才行动的计画，直接就冒充成士兵混进了动物园，然而他的行动马上就引起了其中一名士兵浩克的怀疑，好在杰普及时赶到，两人一起制伏了浩克。

两人制造的声响很快就引起了其他士兵的注意，杰普决定暂时撤煺，并将狗狗玩偶塞进了饲料袋裡，一起从他们不知道的隧道逃离，回到了卡车所在地，但卡车却抛锚了。为了修卡车，杰普与艾米耽误了不少时间，直到被无人机发现才重新发动卡车，两人狼狈地逃离了现场，并决定去找杰普的朋友来帮忙。

逃跑成功的贝琪搭上了一辆便车，而辛格医生再次找来了格斯，并让他待在放满紫花的房间，因为这种花会让半人产生幻觉，辛格医生想让格斯透过这种方式想起他小时候的记忆，看见了还活着的父亲，以及从没见过面的母亲，并且说出了本剧最关键的午夜太阳计划以及史密斯堡。

先有鸡还是先有蛋

贝琪在搭便车时认识的年轻人乔丹打算投靠最后人类，并表示自己的父亲是被动物军团所杀，杰普与艾米来到了工厂镇，杰普本打算找希奇兄弟八人组帮忙，没想到他们早已因为染疫而过世，艾米决定打电话寻求曾经在保护区时合作过的人帮忙。

阿波特带着大部队正巧也来到了工厂镇，为了向大众宣称自己已经研发出解药，并现场为一名患者施打，果然患者打完没多久小拇指就不抖了，众人见状兴奋不已，然而那瓶解药其实只能暂时舒缓状况，阿波特带着那名患者离开，并在离开人们后，当即找个路边枪决了他。

辛格带着格斯在浩克的护送下前往史密斯堡寻找与午夜太阳计画相关的线索，正当众人以为一无所获的时候，突然出现了一只鳄鱼半人并咬伤了浩克，浩克马上叫来了支援，最终鳄鱼半人被麻醉枪射中制伏，辛格与格斯终于发现了午夜太阳计画所在的实验室。

透过实验室中的影像，两人看见了吉莉与米勒博士的一场说明会，在那里他抱出了刚诞生的格斯，并透露她们一开始的研究是透过鸡来进行，辛格医生将现场所有的米勒鸡都带了回去，认为若是运气好的话，应该可以用牠们的蛋来孕育抗原。

坏人

贝琪为了进入动物园而与乔丹参加了最后人类的徵召，在测验中表现优异，并接到了上头的抓捕半人任务，只要能完成任务他就能正式加入。杰普与艾米本想赶在宵禁前离开工厂镇与人称空中王的佣兵帮手会合，却在路上突然被劫上车抓走。

原来劫走杰普与艾米的就是空中王团伙，在总部他们遇到了空中王头领多莉，艾米请求帮忙突袭保护区以救回半人小孩，多莉表示只有有利可图他们才会考虑行动，杰普透露战利品就是最好的报酬，因为最后人类正在那里囤积物资，各种军火、药品、食物甚至是坦克都有。

辛格医生透过鸡的抗原搭配秘製酱料，终于发现了真正能对抗 H5G9 病毒的解药，阿波特得知后马上拿走了刚调製出来的解药，并且邀请辛格夫妻参加晚宴庆祝，阿波特表示三巨头决定採纳他的提案，因此要辛格準备之后的简报。杰普向艾米坦承了自己过去曾参与过围捕半人的任务，这让艾米十分生气，将杰普从接下来的营救行动排除在外，自己与空中王的佣兵们搭上了飞机，杰普于是自己找了一台车，同时往目的地驶去。

在动物园内，半人小孩们因为格斯隐瞒了罗伊的死而不再信任他，唯独巴比还是表示自己相信格斯，并在格斯的帮助下钻入水管，成功逃到外面，士兵们发现了狗狗玩偶，气愤地衝进来询问半人小孩们是否有偷熘出去，格斯趁机用鹿角弄伤了士兵然后衝了出去，最后撞到阿波特并跌坐一旁。

不计代价

阿波特将军拿格斯杀鸡儆猴，将他的鹿角锯掉了一根，惊慌失措的格斯被抓回水磊室，温蒂安慰格斯说鹿角还会再长出来。贝琪与乔丹来到了疑似半人所藏匿的地点，然而贝琪一眼就看出来这是动物军团设的陷阱，果然一深入阵地就遇到是曾经的同伴老虎，两人一同制伏了他。

阿迪正在準备简报的资料，却发现曾经成功做出解药的方式突然失败了，这让阿迪崩溃不已，沃斯、妲奇与海伦三巨头如约来到了动物园，阿迪隐瞒了自己再次尝试做解药却失败的事情，让众人以为解药已经成功製作，阿波特接着提出了常青社区计画，希望拥有农业技术的海伦、拥有新鲜水源的妲奇以及拥有风力发电站与太阳能板的沃斯能够一起加入，食物、能源、淡水缺一不可，但每人只能带 150 名亲信进驻。

半人们用计逃脱了牢笼，在逃跑途中，格斯为了引开守卫注意而乱入了会议，并表示解药是透过杀害半人才得到的，在三巨头看见格斯后，原本有意加入的想法又起了波澜，阿波特连忙找上正要回去的海伦，海伦表示自己的家人很多，若要她加入，她需要所有的位子，而沃斯与妲奇的部分，她可以帮忙歼灭他们，话语刚落，部下们已经拿起机枪开始扫射两人随行的队伍。

杰普为了救出格斯，打算出卖艾米等人的讯息以求能单独救出格斯，然而却被突然从地底钻出的巴比打乱计画，杰普为了帮助巴比逃跑而被抓了起来，没想到在被关的地方，杰普终于见到了正在逃跑躲藏的格斯。

从开始到现在

艾米与空中王的救援行动展开，首先就空头了一个装满紫花的铁桶到动物园中，阿波特即刻下令疏散士兵，并要弟弟强尼将阿迪夫妻带到常青，而艾米则趁乱潜入了动物园寻找半人小孩们。

强尼告诉阿迪夫妻想要逃跑就要趁现在，而自己身为阿波特的弟弟必须留下来帮助他，拉妮一心想要逃走，告诉阿迪不要再寻求解药，但阿迪却觉得他只差临门一脚，现在逃走顶多自由一个月，但他如果能留下来或许能真正製造出解药，最终阿迪总算被说服，但在门口却突然想到格斯才是解药的关键，决定不顾拉妮的劝阻回到实验室取得米勒博士的研究再走，然而实验室却已经因为艾米的纵火而烧毁，等到阿迪再次回到门口，拉妮已经独自离开。

贝琪与乔丹在押送老虎去动物园的路途中遇上空袭，兵荒马乱之际乔丹本想先处决老虎，却被贝琪阻止，这时他才意识到贝琪曾经也是动物军团的人，贝琪与老虎解开误会，老虎决定让贝琪重新带领大伙儿，一起想办法将绿荫森林的录音带交到格斯手上。

最后人类与空中王开始交火，接连击落好几架飞机，然而阿波特却感到事情不寻常，捡起了一片紫花查看，才发现原来这是塑胶花，他们中了调虎离山之计，阿波特马上下令全员赶回动物园。

杰普在格斯的帮忙下撬开了监牢的门锁，并在逃跑时遇到了正在逃离的半人孩子们，一旁还有最后人类士兵，众人展开打斗与追逐，最终杰普等人制伏了士兵，而艾米也找到了留下来寻找格斯的贝蒂，一行人开着大卡车离开，阿波特等人已经来不及阻止，而就在此时，艾米发现自己的小拇指开始抖动起来。

我会找到你

杰普与艾米一行人在路上与重新率领动物军团的贝琪会合，巴比也在带空中王的伙伴找到坦克后与他们会合，坦克替杰普的车清空了障碍物，众人顺利地开车抵达黄石公园。

贝琪在前往黄石公园前，让老虎带领动物军团包围最后人类，打算将他们一网打尽，在车上贝琪将录音带交到了格斯手上，并一眼就认出了温蒂就是他从小失散的妹妹，但她却不敢相认。

来到黄石公园的众人开始为了这个家园忙进忙出，而格斯也终于听了录音带的内容，原来裡面录着的是米勒留给帕爸的讯息，说自己打算前往阿拉斯加寻找拯救世界的方法，而她越不去找他们，他们就越安全。

贝琪一直与老虎保持着通讯，然而动物军团却不敌最后人类，阿波特甚至从他们的通讯得知了贝琪等人现在正在黄石公园，在全军覆没后老虎拚死琪着摩托车来到了黄石公园，并告诉杰普他们快逃，因为最后人类即将到来。

最后人类的挽歌

心灰意冷的阿迪决定寻死，独自坐在长满紫花的隔离室裡大口吸气，很快就晕了过去，与此同时，动物军团与最后人类在外头发生激烈的战斗，等到大局已定，最后人类撤离并开始往黄石公园前进时，阿迪却悠悠醒来，并对自己没有死去感到十分诧异。

得知最后人类即将到来的格斯等人，决定先由贝琪将半人小孩们带到安德森夫妻家暂住，木屋留下的只有格斯、杰普以及艾米，强尼在最后人类抵达黄石公园后用阿波特给自己的手枪试图阻止阿波特，没想到手枪根本没有子弹，阿波特说强尼可以离开，却在背后开枪亲手杀死了强尼。

进入黄石公园的最后人类们一个一个中了格斯三人设好的陷阱，几乎全军覆没，而温蒂因为担心艾米的安危独自跑回木屋，路上被阿波特的得力助手抓住，好险贝琪及时赶到解围，而在打斗的过程中，温蒂看见了贝琪掉落的随身物品，裡面有她与自己小时候的合照，才发现原来贝琪就是自己的亲姊姊。

阿波特闯入了木屋，并与艾米打成一团，艾米表示自己已经染疫，并将病毒都打进了阿波特体内，格斯拿着解药衝了出去，阿波特拿着猎枪一路紧追，就在阿波特成功压制格斯，打算一枪了结时，格斯发出了怒吼，紧接着公牛群朝着他们跑来，直接将阿波特撞飞并踩踏而过，但公牛们却全部绕开了格斯。

临死前的阿波特射了格斯一箭，这让卧床养伤的格斯梦到了妈妈米勒在向自己求救，而杰普也听了录音带，贝琪更发现了帕爸留下的童书裡面有关于阿拉斯加的讯息。格斯、贝琪、温蒂与杰普四人决定再次启程，目的地则是米勒的所在地 – 阿拉斯加前哨站。