1966年,清华大学内,学生们正狂热地参与整党建党活动,高喊着口号,试图打破旧世界,建立新世界。在这个风起云涌的时代,叶哲泰,一位知名的物理学家,因为在课堂上讲授相对论的内容,被视为反动党的一员。在当时的中国,爱因斯坦的新理论被视为禁忌。叶哲泰因此被公开处决,他的妻子,因为与他划清界限,反而被政府认为是真正的物理学家。在台上,她公然质疑丈夫的物理知识,强调宇宙大爆炸的起点,以及上帝的存在。这一言论在当时的社会是不被接受的,叶哲泰最终遭受殴打致死。
时光荏苒,现代社会中,宇宙学语理论物理学博士萨迪穆罕默德突然离世。在他死亡的地方,墙上留下了大量的倒数计时数字和一句“我还是会看见”。博士的死法与过去几位物理科学家如出一辙。而在英国的牛津大学粒子加速器实验室,索尔一直在探索他的理论,却毫无进展。他开始怀疑科学的可靠性,而他的老板叶薇拉在自杀前,竟然向他表达了对“上帝存在”的看法。这是因为各大粒子加速器的理论和研究都产生了无法解释的结果,让所有人都感到困惑。
奥姬突然开始看到“倒数计时时间”,这让她感到震惊和无法解释。她向索尔透露了这个情况,但索尔也束手无策。叶薇拉的自杀让牛津五人组感到震惊和不解,即使研究被迫关闭,以叶薇拉的个性也不足以让她选择自杀。奥姬遇到了一个名叫塔提亚娜的女生,她告诉奥姬关闭实验室就能停止倒数计时器。如果不信,可以明天观察宇宙闪烁,否则倒数归零将有不好的事情发生。
1967年,在蒙古,叶文洁遇到了白沐霖,一个同样有独立思考能力的人。他从白沐霖那里得知山上的电波塔充满了神秘,离它越近,奇怪的事情就越多。白沐霖给了她一本禁书《寂静的春天》,书中讲述了人类对环境破坏的后果,这与建设兵团的行为不谋而合。两人逐渐靠近,彼此相爱。然而,当《寂静的春天》被发现时,白沐霖却将责任全部推给了叶文洁。叶文洁被抓到师部,不是为了受罚,而是为了揭发与父亲联系的反动党成员。她拒绝签署作证。
最终,叶文洁被送往红岸基地。她的“太阳辐射”论文受到红岸基地的重视,因此她得到了一个立功赎罪的机会。在红岸基地,她决定度过余生。警方发现伊文思出现在叶薇拉的葬礼上,这是一个不寻常的人物。自1984年以来,他就销声匿迹,接手父亲的石油公司后42年几乎没有报道。程慬从叶文洁那里得知叶薇拉生前的诡异行为——玩电子游戏。他不知道的是,叶文洁曾经是红岸基地的研究人员。回家后,程慬戴上头盔进入游戏,里面的恶劣环境和生物体脱水的景象让他感到惊恐。
奥姬向索尔讲述了“宇宙闪烁”的事情,并收到了早餐脆烤面包的小礼物。然而,这个小礼物是1963年就停产的东西。她希望索尔能客观地告诉她是否真的有看到眼前的东西。事实上,全世界的人都看到了。索尔用手上的小礼物解开了“密码”,而这个密码与奥姬眼里看到的数字完全吻合。