父亲被斩杀的深草丘十郎（奥智哉 饰演）为了磨练剑术报仇加入了新选组。在入伍考试中认识了冷酷的少年—镰切大作（前田拳太郎 饰演）。出身不明，剑术一流的大作作为期待的大型新人被引入新选组。二人虽然培养了火热的友情，但不知不觉被时代的波浪捉弄，进入了必须互相残杀的悲壮的命运。

第1集

1863年，京都——。在老好人父亲七也经营的小茶馆里工作的深草丘十郎谨小慎微地过着每一天。然而，一天夜里，这种平静的日常生活发生了翻天覆地的变化。

七也藏住了逃进店里的佐幕派藩士，被长州藩士庄内玄悟砍死。气得浑身发抖的丘十郎为了追赶庄内等人冲出了店铺，这时出现了一个男人，他似乎领会了丘十郎的意思，将一名藩士斩杀了。他自称壬生浪士组局长近藤勇，对丘十郎说了一句“感谢父亲的勇气”就离开了。

丘十郎发誓要向逃跑的庄内复仇，决定加入壬生浪士组。根据队士招募的告示进入了入队考试的会场，不过，聚集了以涩皮喜平为首，全都是对技术有印象的实力者，连拿刀都不稳的丘十郎面对比赛也完全不服气。

尽管如此丘十郎还是不愿放弃入伍，在冲田总司的指示下，与应征者中出类拔萃的剑之达人镰切大作对战。

第2集

经过考试，被批准加入壬生浪士组的镰切大作和深草丘十郎——。第二天早上，除了局长近藤勇、副长土方岁三、冲田总司、原田左之助、斋藤一等主要成员之外，连很少露面的行长芹泽鸭也被拉了出来。在集合中，发表了新队员们的分组。

两人被分配到山南敬助担任队长，聚集着问题儿童的“山南队”，比两人更早加入壬生浪士组的新人队士南无之介也在其中。

但是入伍以来，做的事情除了跑步等基础训练之外，就是准备晚饭、在街上巡视、捡垃圾等杂务。在壬生浪士组磨炼剑术，想尽快为父亲七也报仇的丘十郎感到十分焦急。

有一天，丘十郎在街上看到了斩杀父亲的长州藩士·庄内玄悟…!?

第3集

镰切大作、深草丘十郎南无之介帮助了在镇上被流氓包围的年轻人。这个年轻人正是南无之介曾经侍奉过的武家次子松永新之丞。

新之丞的家因为安政大狱的余波而遭到破坏，新之丞不得已被过继到有交情的人家做了养子，却被人嫌麻烦，辗转寻找学徒。最后到达的是会津藩的御用富商野义正的家，不过，好像从邪眼看到新之丞的野身边逃走了，被手下们追赶着。

在山南敬助的关怀下，新之丞被允许在壬生浪士组的屯所暂时养病。再次相见，南无之介高兴地为新之丞付出一切，但新之丞却隐藏着对谁都不能说的纠葛…

第4集

壬生浪士组入伍考试前夕，松永新之丞从屯所消失。在无处可去的彷徨中，被早就盯上了新之丞的会津藩御用富商野义正的手下发现。

得知此事的南无之介，坐立不安地去找新之丞。决意助太刀的深草丘十郎急忙追了上去，只有镰切大作拒绝同行…。

另一方面，近藤勇、土方岁三、冲田总司等干部听闻新人队士们陷入困境，也准备前去营救。但是，拜托你为会津藩做中间人的总裁芹泽鸭阻止了他。。

无奈之下，丘十郎和南无之介只有两个人，来到了有一大帮流氓在等待的鵺野家中，到底能不能救下新之丞呢??

第5集

壬生浪士组如愿以偿地谒见了会津藩。根据行长芹泽鸭的提议，镰切大作、深草丘十郎、松永新之丞、南无之介等队士们在谒见时，在会津藩主面前表演了“剑舞”。大家在芹泽的指挥下努力练习，但丘十郎却无法按照自己的想法行动，总是失败，他觉得只有自己一个人在拖他的后腿。

“怎么做才能像你这样?”丘十郎直勾勾地向大作求教，大作只回了一句玩笑话…!?

第6集

在会津藩谒见的场合，深草丘十郎和镰切大作搭档表演剑舞的技巧，但却无法决定。即使在冲田总司的指导下练习，也无法达到冲田所说的“自然体”的境界。

这时，行长·芹泽鸭说出了一句意想不到的话，以此为契机，丘十郎得到了到达那个境界的提示。在我心中复苏的，是与大作相遇的那一天…!?

这时，庄内玄悟等长州藩士们得到了壬生浪士组要谒见会津藩的情报，并策划了袭击会津藩邸的计划…。

然后——谒见的日子终于到来了…!?

第7集

镰切大作、深草丘十郎、松永新之丞、南无之介受总裁芹泽鸭的命令，前往执行远行任务。他被派去帮忙修缮京都郊外的水户藩别邸。

与以长州藩为首的讨幕派气势高涨、充满紧张气氛的町中不同，4人在平静的乡下，度过短暂休息般的快乐时光。但是那天晚上，丘十郎目击到的，是大作的“眼泪”…!?

而就在此时，对于芹泽这种不理不睬的策略，土方岁三强烈反对…。

第8集

在京都的街道上，发生了长州藩士庄内玄悟砍杀会津藩官员的事件。虽然原田左之助和斋藤一等人赶来阻止，但会津藩主松平容保怀疑讨幕派掌握了自己的动向，壬生浪士组中并没有间谍泄露情报。我很奇怪。

为了洗脱容保的嫌疑，队士们接到了“未经许可禁止外出”的命令，镰切大作和深草丘十郎等人除了固定的巡视外，其余时间都呆在屯所苦练剑…。

在这样的情况下，丘十郎受总裁芹泽鸭之托，要向富商·鵺野义正的家送信，独自一人来到街头。这时，壬生浪士组的一名男子急匆匆地走在后面的小路上，壬生感到很奇怪。!?就在这时，丘十郎陷入了绝境…!

第9集

涉皮喜平在暗恋的妓女的秘密会面中被控制，被怀疑是长州的奸细，从那天晚上开始，从队士们的面前消失了踪影。

深草丘十郎从前辈队士那里听说“涩皮被送回了老家”，察觉到涩皮被肃清的镰切大作被罪恶感折磨，呕吐不止…。涩皮这件事给队士们的心中带来了不小的骚动，大作和丘十郎都开始迷惑“什么是正确的”，以及“自己应该如何前进”…。

那个时候，干部们更加吵闹了。从以前开始就举止狼狈，最近终日与尊王攘夷派宴会的芹泽鸭，在谒见会津藩主松平容保的时候没有出现，容保公对他的信赖开始动摇。看不下去的近藤勇拜托他参加谒见，不知芹泽芹泽想到了什么，告诉近藤自己和土方岁三可以选一个……!?被点名的土方在那个时候，下定了某个决心…!?

然后，芹泽下台的瞬间终于到来了——!

第10集

壬生浪士组肃清了行长芹泽鸭，由局长近藤勇、副长土方岁三统领，同时从会津藩主松平容保处拜命新队名“新选组”。

但是，芹泽的临终令深草丘十郎大受打击，他一握住剑，手就会颤抖，使不上劲。越是意识到“自然体”的境界，就越能体会到已故的父亲七也临死前留下的阻止自己的遗言:“丘十郎…不能去那里…”脑海中浮现出这句话。镰切大作怀着复杂的心情看着苦恼的丘十郎…。

这时，大作、丘十郎、松永新之丞、南无之介被山南敬助带到寺子屋。!?

另一方面，长州方面在桂小五郎的带领下，酝酿着可怕的阴谋。那个与那个“历史事件”相连的事——!?

第11集

镰切大作交给新选组局长近藤勇的讨幕派密信中，说要趁着祇园祭的热闹，在京都市内放火，趁乱执行颠覆幕府的计划，为此在“池田屋”旅馆举行聚会。上面写着可以打开。近藤做出了相信“这样下去会有很多人死”的大作的决定，队士们慌慌张张地进行出征准备。

出击前，深草丘十郎对他说“不要死”，大作是——!?

晚上，近藤队闯进了池田屋。发现了潜伏的讨幕派志士们，激战开始。然而就在这时，冲田总司却感到心中有异变…!?然后丘十郎在混乱中，看到了为父报仇的长州藩士庄内玄悟的身影…!?